В 1536 году испанцы на территории Мексики открыли первое высшее учебное заведение - школу Санта-Крус, а в 1551 году университет в Мехико. Ведутся изучения остатков знаний индейских племен в области медицины и фармакологии, дальнейшее освоение и описание природы. Активно развивается горнодобывающая промышленность, поэтому упор делается на изучение методов добычи ископаемых, извлечения металлов из руд.
    В начале 17 века наука в Мексике практически не развивается, так как Испания находится под властью экономического и политического кризиса. К концу 17 века королевский космограф К. де Сигуэнса-и-Гонгора опубликовал свои труды в области астрономии, географии, геодезии, картографии, истории майя и ацтеков Мексики.
    Со второй половины 18 века научная жизнь Мексики оживляется, так как в Испании формируются капиталистические отношения. В Мексике основываются учебные учреждения: Королевская школа хирургии в 1768 году, Ботанический сад в 1788 году, Королевская горная школа в 1792 году братьями д'Элуяр. Быстрыми темпами развивается география, астрономия, геодезия, ботаника, минералогия и медицина.
    Толчком в развитии науки Мексики становится ее борьба за независимость от Испании. В 1822 году основывается Музей мексиканской флоры и фауны, в 1825 году Сервантес составил каталог растений Мексики «Ботанические таблицы»; Ученые Эскобедо, М. Хименес поднимают на высокий уровень хирургию; проводят исследования проказы и жёлтой лихорадки. В 1858 году издан «Исторический и географический атлас республики Мексика»; в 1889 году составлена карта полезных ископаемых Мексики, в 1892 году - сейсмическая карта; в 1890 году основана физиологическая лаборатория под руководством Ф. Альтамирано; в 1878 году под руководством Коваррубиаса создана Национальная астрономическая обсерватория, а в 1891 году - институт геологии Мексики. 
    Буржуазно-демократическая революция в 1910 – 1917 годах способствовала развитию науки в Мексике, а именно технических и физико-математических наук, но приоритеты по-прежнему отдаются биологии, медицине и геологии. 
    Большинство биологических исследований проводятся в Институтах биологии и кардиологии, а так же Исследовательском центре Политехнического института. В лабораториях ведутся опыты по бактериологии, гельминтологии, гидробиологии, энтомологии, физиологии, биохимии, генетике, биологии кактусов и другим наукам. С помощью американских коллег создают национальную математическую школу, в а 1942 году – институт математики.

   В 1938 году открывается институт физики и Исследовательский центр Политехнического института, в которых и по настоящее время проводят исследования, касающиеся теоретической и экспериментальной физики. В институте астрофизики, основанном в 1942 году, ведутся астрофизические работы. С 1970 года мексиканские ученые-физики проводят исследования в Атомном центре Мексики, где было установлено новейшее оборудование: исследовательский реактор, ускоритель и вычислительный центр. Ученые-химики проводят исследования, касающиеся органической, биохимии и радиохимии, в институте химии, основанном в 1941 году, и различных промышленных лабораториях. Также проводятся исследования в области промышленной электроники и полупроводников, различных разделов технической кибернетики, прикладной химии, теории связи, нефтехимии и металлургии; разрабатываются новые технологии производства бумаги, резины, пластика и других материалов.

   Развитие гидроэнергетического строительства и создание крупных ирригационных систем требует исследований от мексиканских ученых. Благодаря развитию науки в данной области мексиканцы уже в 1965 году построили в стране более чем 60 плотин. 
    Для четкой организации научной и исследовательской работы в 1956 году в Мексике был открыт Национальный совет научных и технических исследований, который подчиняется Президенту Мексики. В 1970 году начал работать Национальный совет по науке и технике. Благодаря совместной работе двух советов у государства есть возможность контролировать космические исследования, работы в области атомной энергетики, водоснабжения, нефтехимии, здравоохранения и транспорта. Правительство Мексики финансирует 90% всех научных и инновационных проектов. Еще в 70-х годах в стране было более 200 научно-исследовательских центров, приоритеты у точных и естественных наук, меньшинство у социально-экономических наук.